南通大學第四輪學科評估于2016年4月啟動,按照“自愿申請、免費參評”原則,采用“客觀評價與主觀評價相結合”的方式進行。評估體系在前三輪的基礎上進行諸多創新;評估數據以“公共數據和單位填報相結合”的方式獲;評估結果按“分檔”方式呈現,具體方法是按“學科整體水得分”的位次百分位,將前70%的學科分9檔公布:前2%(或前2名)為A+,2%~5%為A(不含2%,下同),5%~10%為A-,10%~20%為B+,20%~30%為B,30%~40%為B-,40%~50%為C+,50%~60%為C,60%~70%為C-。

| 序號 | 學校代碼 | 學校名稱 | 一級學科名稱 | 評選結果 |
| 1 | 10304 | 南通大學 | 基礎醫學 | B- |
| 2 | 10304 | 南通大學 | 信息與通信工程 | C+ |
| 3 | 10304 | 南通大學 | 馬克思主義理論 | C |
| 4 | 10304 | 南通大學 | 機械工程 | C |
| 5 | 10304 | 南通大學 | 臨床醫學 | C |
| 6 | 10304 | 南通大學 | 中國語言文學 | C- |
| 7 | 10304 | 南通大學 | 控制科學與工程 | C- |
學校設有20個學院、1個獨立學院(杏林學院)、1家直屬大型綜合三級甲等醫院(南通大學附屬醫院)和國際教育學院、繼續教育學院。擁有基礎醫學、臨床醫學、信息與通信工程3個博士后流動站,基礎醫學、臨床醫學、信息與通信工程、公共衛生與預防醫學、特種醫學5個一級學科博士點,23個一級學科碩士點,19個碩士專業學位點。臨床醫學、神經科學與行為學、工程學、藥理學與毒理學、生物學與生物化學、化學等6個學科進入ESI學科全球排名前1%。擁有江蘇高校優勢學科2個、江蘇省重點學科8個、江蘇省臨床醫學重點專科30個。
學,F有教職工3435人(含杏林學院),其中高級職稱以上1779人,博士、碩士生導師1610余人。有中國工程院院士、教育部“獎勵計劃”特聘教授、國家重大人才計劃B類領軍人才、“百千萬人才工程”國家級人選、國家杰出青年科學基金獲得者、國家優秀青年科學基金獲得者、中科院“”入選者、國家重點研發計劃項目首席科學家、國家社科基金重大項目首席專家、奧運冠軍、教育部“新世紀優秀人才支持計劃”入選者,江蘇“雙創計劃”高校創新類人才、江蘇特聘教授、江蘇省“333工程”高層次人才等各類杰出人才百人。
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