南方醫科大學第四輪學科評估于2016年4月啟動,按照“自愿申請、免費參評”原則,采用“客觀評價與主觀評價相結合”的方式進行。評估體系在前三輪的基礎上進行諸多創新;評估數據以“公共數據和單位填報相結合”的方式獲;評估結果按“分檔”方式呈現,具體方法是按“學科整體水得分”的位次百分位,將前70%的學科分9檔公布:前2%(或前2名)為A+,2%~5%為A(不含2%,下同),5%~10%為A-,10%~20%為B+,20%~30%為B,30%~40%為B-,40%~50%為C+,50%~60%為C,60%~70%為C-。

| 序號 | 學校代碼 | 學校名稱 | 一級學科代碼 | 一級學科名稱 | 評選結果 |
| 1 | 12121 | 南方醫科大學 | 1001 | 基礎醫學 | B+ |
| 2 | 12121 | 南方醫科大學 | 1004 | 公共衛生與預防醫學 | B+ |
| 3 | 12121 | 南方醫科大學 | 1006 | 中西醫結合 | B+ |
| 4 | 12121 | 南方醫科大學 | 0831 | 生物醫學工程 | B |
| 5 | 12121 | 南方醫科大學 | 1002 | 臨床醫學 | B |
| 6 | 12121 | 南方醫科大學 | 1007 | 藥學 | B |
| 7 | 12121 | 南方醫科大學 | 1011 | 護理學 | B |
| 8 | 12121 | 南方醫科大學 | 1003 | 口腔醫學 | C- |
| 9 | 12121 | 南方醫科大學 | 1008 | 中藥學 | C- |
學,F有國家級人才項目入選者239人次,省級人才項目入選者354人次,其中:兩院院士3人、雙聘院士6人,國家級教學團隊3個,國家教學名師4人,國家海外高層次人才15人,21人,國家杰青19人,國家特支計劃12人(青年拔尖人才3人),“百千萬人才工程”國家級人選20人,科技部中青年科技創新領軍人才6人,國家“優青”13人。
學校共有國家重點實驗室、國家臨床醫學研究中心、粵港澳大灣區腦與類腦研究中心等國家和省部級科研臺93個,科技部重點領域創新團隊2個、教育部創新團隊2個、國家自然科學基金創新研究群體1個。共獲國家科技三大獎18項,省部級一等獎55項,獲國家科技獎數量位居廣東省屬高校第一。連續三個五年計劃牽頭承擔傳染病防治國家科技重大專項。2021年獲國家自然基金309項,立項數居全國獨立醫科院校第2位,連續6年躋身全國30強!赌戏结t科大學學報》入選“中國科技期刊卓越行動計劃”梯隊期刊類項目,連續8年獲得“百種中國杰出學術期刊”稱號,綜合評價得分位列全國醫藥大學學報類期刊第1位。
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